Подземные воды на территории республики являются основным источником хозяйственно-питьевого водоснабжения. На территории Республики Марий Эл по гидродинамическим особенностям выделяются следующие основные водоносные подразделения, приуроченные к Ветлужскому и Волго-Сурскому артезианским бассейнам (гидрогеологическим структурам) II порядка:
1. Водоносный локально слабоводоносный нижнечетвертично-современный аллювиальный, аллювиально-флювиогляциальный комплекс – a, af QI-IV.
2. Водоносный акчагыльский аллювиальный горизонт – N2 a.
3. Водоносный котельничский терригенный комплекс (P3 kt).
4. Водоносная локально слабоводоносная верхнеуржумская терригенно-карбонатная свита – P2 ur2.
5. Водоносная локально слабоводоносная нижнеуржумская карбонатно-терригенная свита – P2 ur1.
6. Водоносная локально слабоводоносная верхнеказанская терригенно-карбонатная свита – P2 kz2.
7. Водоносная нижнеказанская терригенно-карбонатная свита – P2 kz1.
Наиболее распространены в подземных водах такие загрязняющие вещества как железо, жесткость, минерализация, сульфаты, марганец, реже аммиак, окисляемость, нитраты, нефтепродукты, тяжелые металлы. Кроме того, с 2004 г. в отдельных скважинах Горномарийского и Советского районов отмечены превышения по содержанию бора и фтора. На территории г. Йошкар-Ола и в Медведевском районе отмечены превышения по содержанию бора с 2021 г. (справка Филиала «Приволжский региональный центр ГМСН» от 06.04.2022 №141).
В рамках социально-гигиенического мониторинга для оценки влияния качества питьевой воды на здоровье населения в 2021 г. исследования проводились в 214 мониторинговых точках на территориях всех 17 муниципальных образований городов и районов республики. Исследования проводились по химическим показателям (нитраты, железо, марганец, медь, сульфаты, бор, фториды, цинк), обобщённым (общая минерализация, жёсткость), органолептическим (запах, мутность, цветность, привкус), микробиологическим (ОКБ, ТКБ, патогенные энтеробактерии, колифаги), вирусологическим (ротавирусы, антиген вируса гепатита А), паразитологическим (яйца гельминтов, цисты патогенных кишечных простейших) показателям, пестицидам (ГХЦГ, ДДТ).
В 2021 г. исследована 2241 проба воды на микробиологические показатели. Не соответствовали гигиеническим нормативам (обнаружены ОКБ и/или ТКБ) 19 проб (0,85%) воды: д. Карай (Олыкъялы) (1 проба), д. Верхний Азъял (1 проба), д. Коротково (Полевая) (1 проба), д. Сотнур (1 проба), с. Эмеково (1 проба) Волжского района; с. Виловатово (Покан-Юванькино) (1 проба), д. Вержуково (1 проба), с. Усола (Носелы) (1 проба) Горномарийского района; д. Большие Шали (4 пробы), д. Изишурга (2 пробы), п. Морки (3 пробы), д. Новая (1 проба), д. Осипсола (1 проба) Моркинского района.
В 2021 г. исследованы 2003 пробы воды на санитарно-химические показатели. Не соответствовали гигиеническим нормативам 52 пробы (2,6%) воды. Повышенная жесткость воды выявлена в д. Верхний Азъял (4 пробы), д. Березники (4 пробы) Волжского района; г. Звенигово (11 проб, +сульфаты), п. Красногорский (2 пробы) Звениговского района; п. Морки (1 проба), д. Абдаево (3 пробы), д. Шоруньжа (1 проба), п. Октябрьский (4 пробы) Моркинского района. Повышенное содержание железа выявлено в п. Кичиер (1 проба), п. Приволжский (1 проба, +марганец), с. Помары (3 пробы), с. Эмеково (1 проба) Волжского района, д. Озерки (6 проб), д. Кокшамары (4 пробы), п. Трубный (6 проб) Звениговского района.
Причинами химического загрязнения питьевой воды являются поступление веществ природного характера из подземных источников водоснабжения.
Возбудители инфекционных и паразитарных заболеваний в питьевой воде в 2021 г. не обнаружены.
На территории Республики Марий Эл по состоянию на 1 января 2022 г. находилось 1203 источника питьевого водоснабжения (на 1 января 2021 г. – 1198 источников, введены в эксплуатацию 5 скважин: 3 – в Медведевском районе, по 1 – в Сернурском и Мари-Турекском районах), из них все имеют санитарно-эпидемиологические заключения о соответствии водного объекта правилам и условиям безопасности для здоровья населения. Количество источников нецентрализованного водоснабжения по сравнению с 2020 годом существенно не изменилось и составило 895 (в 2020 г. – 896).
Контроль качества питьевой воды Управлением осуществляется на всех этапах водоснабжения (источники централизованного и нецентрализованного водоснабжения, распределительная сеть, конечный потребитель) в рамках осуществления социально-гигиенического мониторинга (217 мониторинговых точек, кратность – ежемесячно), надзорных мероприятий, рассмотрения обращения граждан (О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения Республики Марий Эл в 2021 году: Доклад. – Йошкар-Ола: Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Республике Марий Эл, 2022.).